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        激发光最长波长与荧光最长波长之间的差值。例如激发光最长波长508纳米，而发出荧光最长波长538纳米，斯托克司频移为27纳米。



        激发临界值（Threshold 或 Coloration Threshold）:



        荧光物质被激发出明显可见的荧光时的临界值，或无荧光物质吸收光线的临界值。临界值一般与荧光产生有关，有时也用于判断荧光效果是否消失。（在判断退色和变色中使用）



        黄色荧光蛋白（Yellow Fluorescent Protein）:



        一种不常见的荧光蛋白，能发出525-570纳米的荧光。(Alieva et al., 2008).

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        色素分类：



        目前至少发现了9种珊瑚色素。某种红色或绿色可能在结构上与其它红色或绿色分支不同，包括：




        青色荧光蛋白，Cyan Fluorescent Proteins (CFP) – 能发出蓝绿色荧光，波长范围小于500纳米。载色体结构与绿色荧光蛋白非常接近。


        绿色荧光蛋白，Green Fluorescent Proteins (GFP) – 这个种类的荧光蛋白是最多的，而且其载色体结构与青色荧光蛋白载色体结构十分相似。


        黄色荧光蛋白，Yellow Fluorescent Proteins (YFP) – 一种不太常见的荧光蛋白，能发出黄色荧光。蕴含黄色荧光蛋白的生物也比较少，如zoanthid 和一些种类的硬骨珊瑚如Agaricia 。就我个人而言，身居夏威夷岛，我经常在夜间带上特殊装备潜水，观察这种特殊的荧光。www.nightsea.com有更详细的说明。

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        橙色荧光蛋白，Orange Fluorescent Protein (OFP) - OFP一般指从硬骨珊瑚Lobophyllia hemprichii 身上提取的色素，看名字好像是一种单独的蛋白种类。事实上，橙色荧光蛋白是Kaede-type 荧光蛋白的一个变种。


       红色荧光蛋白，Red Fluorescent Proteins (RFP) – 包含很多亚种，(如Kaede, Ds-Red 和 Chromo-Red)。典型的激发荧光波长在580纳米或更短，有时也会稍稍超过600纳米。


        Dronpa – 一种绿色的荧光色素蛋白，当暴露在蓝绿色光（490纳米）下时失去荧光，但在光照提高到400纳米的紫色时，又会恢复荧光。


         Kindling Proteins – 这种蛋白色素（从海葵Anemonia sculata身上提取）可以从无荧光状态转化为具有可见荧光的状态。此反映是根据照射在色素上的光线波段范围发生变化，并且是可控制可逆的变化。

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        Chromo-Red Proteins – 2008年新分类出来的荧光蛋白色素，来源于硬骨珊瑚Echinophyllia。这种蛋白色素具有色素蛋白质的特性，又能发出最大波长609纳米的强列红色荧光。


        色素蛋白质Chromoproteins (CP) –这种类型的色素没有荧光反映，或荧光及其微弱，可以忽略。这些色素通过吸收光线中特定波长显色，而不是通过荧光反映着色。大多数的色素蛋白质吸收光线中560-593纳米范围内的光谱。也有报道称海葵能吸收的最大波长为610纳米，硬骨珊瑚吸收波长范围一般在480-500纳米范围内。有些色素蛋白质的结构与Ds-Red荧光蛋白色素结构十分相似。事实上，通过基因学研究发现，置换有色蛋白中的一个氨基酸就可以将其转化为荧光蛋白。大多数研究人员关注荧光蛋白，而不重视色素蛋白质，相关学术文章也只有40余篇。

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        色素分化


        检验色素的分化情况好像没什么意义，不过还是有些有用的信息。我们假设色素分化已经进行了上千年，每种分化枝内部都会有单独的特定性，我们可以利用这些分化数据，与其它数据结合，形成一个粗略的表格，理解色素是如何表现出各种色质，包括光线和其它的可能因素。很有趣的是，有些色素是在某种生物的体内完成进化的，(分支 A 在海葵中, 或者分支D的Kaede-type 色素绝大多数在硬骨珊瑚Faviina的亚种中进化。



        色素命名


        下面的表格1-4列出了各种色素的名称速记。因为通常研究人员只列出给定的色素名称，如 mcav4, Eos, or r1.2等，而没有提供更进一步的信息，表1-4是为了我和大家都使用方便，尽管有些研究中使用的名字可能会有些差别，但我想大家会从中受益的。



       目前有4个主要分支，其中分支C有很多亚种。咱们从分支A开始：

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        Clade A



        完全由海葵(Actinaria genera)色素组成，其中包含各种绿色和红色荧光色素，除此之外还有些色素蛋白质，不包含青色或黄色荧光色素。表格1，证据现实，在分支A中，变色是可能发生的，尤其是在Anemonia sculata 内部的kindling' protein，色素蛋白质转变成荧光蛋白色素是可能的。(在强光条件下，从吸收最大波长562纳米的色素蛋白质转变成能发出595纳米荧光的色素蛋白。)



        表1 Clade A 包含各种绿色和红色荧光色素，除此之外还有些色素蛋白质。还包括Anemonia sculata内的kindling protein。关键字: Non-fluorescent protein (Chromoprotein); DsRed-type protein (DsRed); Green Fluorescent Protein (GFP).

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        Clade B



        分支 B 主要是硬放目色素蛋白质(包括在Acropora, Montipora, Pocillopora, 等等)，3种红色荧光色素(来自于硬骨珊瑚Porites, Montipora, 以及the false coralDiscosoma)，还包括一种青色荧光色素。目前，分支 B 还不包括任何绿色或黄色荧光色素。表2 在分支B中变色经常发生，青色荧光色素除外。



        表2 分支 B 包含所有的Acropora 和 Montipora 色素蛋白质，(还包含其它种类) 以及许多Ds-Red type 荧光色素。关键字: Non-fluorescent protein (Chromoprotein); DsRed-type protein (DsRed); Cyan Fluorescent Protein (CFP).

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        Clade C, 包含 C1, C2, and C3



        这个分支是目前最复杂的，包含一部分青色、绿色、黄色以及红色荧光蛋白色素，还有一种无荧光有色色素蛋白(red pocilloporan来自于硬骨珊瑚Stylophora pistillata)。 绿色荧光蛋白大多来自于Acropora 和 Montipora 种类，也有一些来自于 Meandriina, Fungiina 和 Faviina。见表3。



        Taxon Pigment Name Type of Pigment Order/Suborder Excitation Emission Clade



        表3 分支 C 有三个亚分支(C1, C2 and C3)总和一共4个主要类型，包含所有荧光：青色、绿色、黄色和红色。关键字: DsRed-type protein (DsRed); Cyan Fluorescent Protein (CFP); Green Fluorescent Protein (GFP); Yellow Fluorescent Protein (YFP).

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        Clade D



        这个分支内的所有色素都有一点荧光，而其包括 Ds-Red 和 Kaede-type 橙色/红色荧光色素蛋白。 分支 D 包含的色素至少来源于两种软珊瑚(Clavularia 和 Dendronephthya species)，false corals (Discosoma and Ricordea)和许多硬骨珊瑚。这一分支中的许多色素都有变色的可能。其中一种绿色荧光色素 Dronpa 暴露在强烈的蓝绿光下会发生退色。有趣的是，这些色素却来自于硬骨珊瑚Faviina的亚种。见表4。



        表4 分支 D 只有荧光蛋白。 它们是青色、绿色和两种红色(Kaede and Ds-Red) 的色素。 关键字: Cyan Fluorescent Protein (CFP); DsRed-type protein (DsRed); Green Fluorescent Protein (GFP); Kaede-type Fluorescent Protein (Kaede).