大家都知道珊瑚和共生藻之间的共生关系,其实在海绵也存在这种关系。很多的海绵都有共生细菌(主要是假单胞菌Pseudomonas和气单胞菌Aeromonas),在某些Verongid sponges,细菌会占到体重的40% 。不过it is not just any bacteria that thrive within the body of these sponges. 实际上,已经从某些海绵中成功分离出抗生素,表明至少这些种类的海面对共生细菌具有一定的选择性。还有报道海绵和蓝绿细菌也存在着共生的关系。通常,共生细菌深藏在海绵体内,而不是在有光的表面。有些与腰鞭毛虫、红藻绿藻和硅藻共生。
除了与微生物进行共生以外,不同的海绵之间的关系也是比较复杂的,例如,3中常见的加勒比海海绵(Iotrochota birotulata, Amphimedon rubens, and Aplysina fulva)互相接触的时候生长的速度得到很大的提高。海绵的敌害包括被angelfishes and trunkfishes吃掉、海星吃掉、底质掩埋、波浪粉碎、碎片、病原体。有迹象表明海绵群体比单体生存更好。